Sau khi buộc tướng Khánh phải lưu vong, sự tranh chấp quyền lực giữa các tướng trẻ không thuyên giảm mà lại càng tăng thêm. Hội đồng tướng lĩnh phân thành 4 nhóm Thiệu (Nguyễn Văn Thiệu)-Kỳ (Nguyễn Cao Kỳ)- Thi (Nguyễn Chánh Thi)-Có (Nguyễn Hữu Có). Do vai trò quan trọng trong các cuộc đảo chính và phản đảo chính, tướng Thi bị xem như là mối nguy cơ làm nổ ra đảo chính quân sự. Ba tướng còn lại hợp sức để chống đối, cử tướng Kỳ làm thủ lĩnh. Sự xung đột này mãnh liệt đến mức nhà báo Mỹ Frances FitzGerald đã từng ghi lại là "Các tướng lĩnh Việt Nam Cộng hòa cứ kháo nhau xem tướng Kỳ và tướng Thi ai đảo chính ai".[14]

Chính phủ dân sự của thủ tướng Phan Huy Quát tỏ ra bất lực trước thời cuộc. Ngày 11 tháng 6 năm 1965, thủ tướng Quát đã giải tán chính phủ và từ chức thủ tướng. Quốc trưởng Phan Khắc Sửu đã trao lại quyền hành cho Hội đồng tướng lĩnh. Ngay hôm đó, Hội đồng tướng lĩnh đã họp dưới sự chủ tọa của tướng Nguyễn Văn Thiệu để chọn ra người lãnh đạo. Sự lựa chọn được cân nhắc giữa 2 tướng Nguyễn Cao Kỳ và Nguyễn Chánh Thi. Cuối cùng, ngày 19 tháng 6 năm 1965, tướng Thi tuyên bố rút lui khỏi sự tranh chấp vị trí lãnh đạo với tướng Kỳ.

Các tướng lĩnh đặt ra Ủy ban lãnh đạo Quốc gia, do Trung tướng Nguyễn Văn Thiệu làm chủ tịch, giữ vai trò Quốc trưởng. Tướng Nguyễn Cao Kỳ được bầu làm Chủ tịch Ủy ban Hành pháp Trung ương, giữ vai trò Thủ tướng cho tới khi tổ chức bầu cử. Để xoa dịu những mâu thuẫn quyền lực, đầu tháng 11 năm 1965, tướng Nguyễn Chánh Thi được thăng cấp Trung tướng và giữ chức vụ Đại biểu chính phủ tại Trung phần.

Tuy nhiên, những mâu thuẫn vẫn không thể ổn thỏa. Quần chúng nhân dân bất mãn với việc các tướng lĩnh tranh chấp quyền hành, liên tiếp gây nhiều binh biến, khiến cho tình hình Việt Nam Cộng hòa không ngừng bị xáo trộn. Lực lượng Phật giáo, vốn tự xem là lực lượng chính đẩy cao mâu thuẫn giữa quần chúng với chính phủ Diệm, gián tiếp dẫn đến đảo chính 1963, một lần nữa nắm vai trò lãnh đạo quần chúng chống lại chính phủ do các tướng lĩnh lập nên, đòi hỏi thành lập Quốc hội Lập hiến để có Hiến pháp cho Miền Nam Việt Nam, thay cho Chính phủ Quân nhân cai trị không có căn bản pháp lý là mầm mống biến loạn như từ cuối năm 1963.[15]

Tại miền Trung, tướng Thi đã có những cáo buộc nảy lửa công khai về tệ tham nhũng cũng như những chỉ trích sự độc tài trong chính phủ của tướng Kỳ. Phong trào Phật giáo ở đâu cũng bùng nổ mạnh hơn hết do lực lượng quân đội của Quân đoàn I do tướng Thi chỉ huy đã không thực hiện các mệnh lệnh trấn áp phong trào Phật giáo từ chính phủ trung ương đưa xuống, là một cách không chính thức chống lại quyền lực của chính phủ tướng Kỳ.

Nhận định tướng Thi một đối thủ nguy hiểm, tướng Kỳ đã tìm cách liên kết với nhiều tướng lãnh để giải trừ chức vụ của tướng Thi. Phía Hoa Kỳ lúc đó ủng hộ việc tống xuất tướng Thi, vì người Mỹ xem ông là "tướng nổi loạn", không tích cực chống Cộng và còn tỏ ra muốn nói chuyện thương thảo với Bắc Việt[16]. Nắm được quan điểm này của tổng thống Mỹ Johnson, tháng 2 năm 1966, trong cuộc họp của Hội đồng tướng lĩnh, tướng Kỳ đã thuyết phục các tướng lĩnh trao quyền cho ông để trục xuất tướng Thi và trấn áp cuộc tranh đấu của Phật giáo.

Ngày 10 tháng 3 năm 1966, tướng Kỳ ra quyết định cách chức Tư lệnh Quân đoàn I của tướng Thi (cử Thiếu tướng Nguyễn Văn Chuân Tư lệnh Sư đoàn 1 Bộ binh lên thay tướng Thi làm Tư lệnh Quân đoàn) với lý do bất lực trước phong trào đấu tranh của Phật giáo tại miền Trung. Tuy nhiên, tướng Kỳ chỉ thị cho giới truyền thông công bố tướng Thi từ chức vì lý do sức khỏe. Ngay khi ra đến Ðà Nẵng để bàn giao chức vụ, ông bị tướng Nguyễn Hữu Có, khi đó là Phó thủ tướng kiêm Tổng trưởng Quốc phòng, ra lệnh bắt giữ và đưa vào giam lỏng tại Sài Gòn.

Việc cách chức tướng Thi đã làm bùng nổ thêm phản ứng của phong trào Phật giáo miền Trung. Ngày 12 tháng 3, Thượng tọa Thích Trí Quang vận động Phật tử biểu tình ở Huế và Ðà Nẵng, thậm chí kiểm soát các thị xã trong ít ngày. Thượng tọa Thích Trí Quang cũng làm "rung chuyển nước Mỹ" khi yêu cầu Mỹ loại bỏ tướng Kỳ. Các tướng Tôn Thất Đính (Thay tướng Chuân bị đưa ra Hội đồng kỷ luật), rồi Huỳnh Văn Cao được cử ra Huế để thay chức vụ của tướng Thi đều bất lực, không thể kiểm soát được binh sĩ Quân đoàn I.

Nhằm giảm nhẹ căng thẳng, ngày 16 tháng 3, tướng Kỳ đồng ý đưa tướng Thi ra Ðà Nẵng để xoa dịu quần chúng. Tuy nhiên, khi vừa ra đến nơi, tướng Thi đã có những tuyên bố ngả theo phe tranh đấu. Ngày 17 tháng 3, tại Sài Gòn đại sứ Hoa Kỳ Cabot Lodge đã có cuộc gặp với thượng tọa Thích Trí Quang. Các tướng Nguyễn Văn Thiệu, Nguyễn Cao Kỳ cũng tiếp xúc với thượng tọa Thích Tâm Châu. Các cuộc tiếp xúc đã đạt được thỏa thuận. Ngày 19 tháng 3, Viện Hóa đạo Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất ra tuyên bố không chống đối chính phủ mà chỉ đòi hỏi bầu cử và thành lập chính phủ dân sự.

Tuy nhiên, các cuộc biểu tình vẫn tiếp diễn và trở nên hỗn loạn. Ngày 3 tháng 4, tướng Kỳ tuyên bố là Cộng sản đã xâm nhập vào các phong trào tranh đấu ở miền Trung và sẽ dùng vũ lực để tái lập an ninh. Lời tuyên bố này làm cho cuộc đấu tranh bùng lên mạnh mẽ.

Tuy nhiên, chính phủ tướng Kỳ đã có những bước chuẩn bị trước đó. Khối Phật giáo bị chia rẽ khi Thượng tọa Thích Tâm Châu tuyên bố ủng hộ chính phủ, hình thành hai khối Ấn Quang, do thượng tọa Thích Trí Quang lãnh đạo, và khối Vĩnh Nghiêm, do thượng tọa Thích Tâm Châu lãnh đạo. Do sự chia rẽ này hành động tranh đấu của Phật giáo không thống nhất như lúc năm 1963.

Ngày 14 tháng 5, tướng Kỳ đã cho 4.000 binh sĩ cùng vũ khí hạng nặng, do tướng Nguyễn Ngọc Loan chỉ huy, được các máy bay Mỹ chuyên chở, ra Đà Nẵng, dùng vũ lực trấn áp phong trào ly khai. Quân đội nhanh chóng kiểm soát Đà Nẵng, rồi từ đó tiến ra Huế. Phong trào ly khai nhanh chóng chấm dứt. Tướng Thi một lần nữa bị đưa vào Sài Gòn. Tướng Tôn Thất Đính cũng bị bắt giữ và đưa vào chờ xét xử.